En 1824, Goya, malade et désabusé, quitte l’Espagne pour Bordeaux, lieu d’exil de beaucoup d’« Afrancescados » (libéraux espagnols gagnés aux idées de la Révolution Française). Sa famille lui rend visite à la fin du mois de mars 1828, mais son fils Javier n'arrive pas à temps. L'état de santé de Goya est très délicat, non seulement à cause de la tumeur qui avait été diagnostiquée quelque temps auparavant, mais aussi à cause d'une récente chute dans les escaliers qui l'obligea à rester au lit, et dont il ne se relèvera pas. Après une aggravation au début du mois, Francisco de Goya meurt à deux heures du matin le 16 avril 1828, accompagné à ce moment-là par les siens et par ses amis Antonio de Brugada et José Pío de Molina. Le jour suivant, il est enterré au cimetière bordelais de la Chartreuse, dans le mausolée de la famille Muguiro e Iribarren aux côtés de son bon ami et père de sa bru, Martín Miguel de Goicoechea. En 1880 l’Espagne entreprend une série de démarches administratives pour transférer le corps de Goya à Saragosse ou à Madrid. En 1888, soixante ans après la mort de l’artiste, une première exhumation a lieu, mais le transfert au grand dam de l'Espagne n’a pas lieu ; on découvre à cette occasion, à la stupéfaction générale, que le crâne du peintre ne figure pas parmi les ossements (encore aujourd’hui un mystère jamais résolu). Le 6 juin 1899, le corps est de nouveau exhumé et finalement transféré à Madrid ; déposé provisoirement dans la crypte de l’église collégiale Saint-Isidore de Madrid, le corps est transféré en 1900 dans la « tombe collective d'hommes illustres » de la Sacramental de San Isidro, avant de l'être définitivement en 1919 à l’église San Antonio de la Florida de Madrid, au pied de la coupole que Goya avait peinte un siècle auparavant. En son hommage, avec respect, cette rose.